船抵达后，便被安排靠泊指定的湾澳，比如来自马六甲（马来西亚）的商船就停泊在“屯门”，来自暹罗（泰国）的商船就停泊在“葵涌”。
这比起成化、弘治时期“湾泊不一”的情况已大有改善。当外国船泊港后，来自广州的“市舶官”和中国商船随即到来，由官方认可的人组成估价者登上外船对商品进行估算价值。当时，市舶官员在场监督，海关税率是胡椒20%、苏木和乌木50%、其他商品10%，直到估算完毕后，才允许中国人与外国人开始贸易。
外国商船便按税率向市舶官员交纳大笔税金。然后，估价者才以商人身份，把从广州带来的商品跟外商进行船对船的贸易，这其实就是官府垄断的“大买办资产阶级”运作模式，既方便官府收税，也能提价。
正德中叶以前的贸易，都是在和平而有秩序的气氛下进行的。外商、官僚和华商三方都得到了好处和满足，并且初期关系亦算良好。尽管朝廷“海禁”，但贸易被允许，老百姓得到满足，因此也不必去冒险。
当时，在广州的珠江入海口沿海一带走私贸易并不活跃，因为明朝官府对此一直严厉打压。不过，这种和谐的海口贸易，随着“抽分制度”的出现和“常态化”，以及后来贸易量的逐渐增加，再加上以葡萄牙人为代表的西方殖民者对此强烈反对，导致诸藩来华贸易业受到刺激和影响，甚至慢慢地演变成冲击与挑战。
成化二十三年(西元1486年)，占城国王古来回国，就是由“东莞海商”张宣驾海舟二十艘护送回国。这反映出了当时“海商”与“地方官府”的密切关系，毕竟各级官府也都需要一批“大买办资产阶级”来为自己敛财。
有理由相信，张宣所率领的二十艘海船将继续南下马六甲等地贸易，就好像前往占城的册封使冯义、张瑾一样，因受贿后就册立了安南人的傀儡提婆苔为占城国王后，又继续转往马六甲“尽货其私物以归”。
也就是说，趁着“公干出差”的机会，或由官员包庇的贸易，甚至是走私贸易在成化、弘治年间(西元1488年——西元1505年)已十分活跃。在这期间，很多明朝中国人的海船已遍布在南海从事着贸易活动。
葡萄牙人托梅·皮雷斯在《东方诸国记》中提及在马六甲，经常能看到中国帆船带来十分丰富而又多姿多彩的大批中国货。中国帆船抵达马六甲后，中国人无须交纳关税，只要献上一份礼物，便可进行贸易。
他又听说中国有上千艘帆船正前往各自认筹合适的地方进行贸易。由此可见，沿海的贸易活动已不可能遏止。特别是“抽分制度”确立后，更引起热潮，使得“广州”海口贸易一片繁荣，大有利于缓解财政压力。
“屯门“”海面至广州城，帆樯林立。然而，明朝官僚并未想到，那新来贸易的葡萄牙人太不懂事，把西方列强那一套“强盗思维”拿来中国实践，于是对即将对明朝中国广州的“外贸”制造出一场“灾难性”事件来。
到了西元1517年(正德十二年)8月15日，葡萄牙舰队司令安德拉德率领的八艘海船抵达“屯门”。他此行的重要任务，就是把葡萄牙国王的使者托梅·皮雷斯送入中国，以实现与中国明朝之间保持长期贸易合作。
于是，安德拉德乘船抵达珠江口海域后，随即向“备倭都指挥”申请前往广州面见当地最高行政长官。
但是，广州当局迟迟未有回复，而安德拉德却按捺不住想要硬闯珠江，这就迫使“备倭司命”不得已而派出领航员带水。于是，葡萄牙舰队在驶抵达广州城之后，在怀远抛锚停泊，而那安德拉德显得很兴奋。
按照西洋人的习惯，每航行到一处新的国度，最高长
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